前提として、どの機関で取得してもISMS認証の難易度、またISMSの認証を取得した企業である事に違いはありません。

違いとしては、認証取得後に発行されるロゴマークが審査機関によって変わる事、認証取得した企業を検索する際、検索するサイトが認定機関（ISMS-AC,ANAB等）により異なる事があげられます。

2年目以降で審査機関を変更することは可能です。