最終的に新会社（分社して発生する会社）にて認証を取得したい場合は、登記予定の新会社をISMS範囲として進行ください。 

SecureNaviに登録する時点では未登記の状態ですが、実質的に新会社名義での活動であるため、新会社で行ったこととして処理を進めていただければと思います。

ただし、第1次審査の段階では登記が予定されていることが前提です。それ以外のケースの場合は、審査機関へご相談ください。