チェックはされますが、実態で記載いただければ問題はありません。逆に、未完了のタスクが存在する場合は審査に影響する可能性が高いです。期限を過ぎたとしても、あとで無理に計画を修正する必要はないので、「初期はこのような計画を予定していたのですが、実際の実施結果はこうでした」と説明ください。